塔什库尔干县纪委监委内设职能部门具体为：办公室、第一纪检监察室、第二纪检监察室、党风政风监督室、信访室、案件监督管理室、案件审理室。

此外，设有县委巡察工作领导小组办公室、县纪委监委派驻（派出）纪检监察机构。

办公室：负责机关日常运转工作；筹备组织重要会议、活动；组织起草县纪委监委有关文件、重要文稿；督促检查有关工作部署的落实情况等；负责机关对外联络工作；负责县纪委监委派驻（派出）机构、各乡镇纪检监察机关领导班子成员的提名、考察、任免等干部人事工作；负责机关的新闻事务和有关网络宣传工作；负责纪委监委机关、巡察机构、派驻机构的党群工作、离退休干部工作。

党风政风监督室：负责综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规以及落实党中央治疆方略、新疆社会稳定和长治久安总目标的监督检查；综合协调党的政治纪律和政治规矩执行情况的监督检查；综合协调贯彻落实中央八项规定精神、纠正“四风”“四气”工作；综合协调整治群众身边和扶贫领域的腐败和作风问题；综合协调党内监督、党的问责等方面工作，推动管党治党政治责任落实等。

信访室：负责受理对党的组织、党员违反党纪行为和对行使公权力的公职人员职务违法、职务犯罪行为等的检举、控告等。

案件监督管理室：负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理，履行线索管理、组织协调、监督检查、督促办理、统计分析等职责等。

第一、第二纪检监察室：履行依规依纪依法监督的职责；履行执纪审查和依法调查处置的职责等。

案件审理室：负责审理县纪委监委直接审查调查和乡（科）级党的组织、纪检监察机关报批或者备案的违反党纪和职务违法、职务犯罪案件等。