麦盖提县纪委监委组织机构包括：内设职能部门、直属事业单位和派驻纪检监察组。

内设职能部门具体为：办公室、组宣部（纪检监察干部监督室）、党风政风监督室、信访室、案件监督管理室、案件审理室、第一纪检监察室、第二纪检监察室；

此外，设有信息技术保障中心、反腐倡廉中心、执纪审查协调中心3个直属事业单位；设有第一纪检监察组、第二纪检监察组、第三纪检监察组、第四纪检监察组、第五纪检监察组、第六纪检监察组、派出纪工委7家派驻（派出）机构；麦盖提县委巡察办公室。

办公室：负责处理委机关日常事务。负责县纪委委员会、委领导办公会以及其他重要会议会务活动的筹备组织工作；起草、审核、编发委机关有关文件、文稿、通报和信息；督促检查地委、县委领导批办交办的有关党风廉政建设工作的落实情况，县纪委委员会议决定事项和委机关领导交办事项的落实情况；参与、配合有关党风廉政建设方面制度办法的制定、修订，汇总党风廉政建设和反腐败工作情况；组织协调有关人大代表建议、政协委员提案答复；负责委机关对外联系接洽、值班值勤安排和离退休干部职工管理工作；负责机关公文流转、立卷归档工作，保管、使用县纪委、监察委、纪委办公室印章，负责机关保密及密码文件管理工作；负责机关财务管理、国有资产管理等工作；承担委机关工会、共青团、妇委会、精神文明建设日常工作；负责机关日常纪律作风建设，组织协调机关干部集中学习，督促各部室加强干部日常管理和监督。

组宣部（纪检监察干部监督室）：负责全县纪检监察系统领导班子建议、干部队伍建设和组织建设的综合规划、政策研究和制度建设；承办委机关、巡察机构、派出监察办公室有关编制管理、干部人事、人员档案等工作；会同有关部门，承办乡镇纪委副书记、委员，派出监察办公室副主任、监察员提名和考察等工作；负责纪检监察系统干部教育培训、表彰奖励等工作；负责做好离退休干部（职工）的思想政治、党组织建设、开展文化娱乐等工作；负责组织协调全县党风廉政建设和反腐败的宣传工作，负责委机关的信息收集汇总上报事务，承担信息发布日常工作；组织开展对党员、公职人员的理想信念和宗旨教育、党风党纪和廉洁自律教育；组织协调网络舆情信息收集、研判和处置工作；监督检查纪检监察系统干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等方面的情况；监督检查纪检监察系统干部围绕贯彻落实新疆社会稳定和长治久安总目标正确履行职责，落实自治区党委、自治区纪委监委重大决策部署和地区纪委监委、县纪委监委工作要求的情况；按照干部管理权限受理有关纪检监察干部涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见并负责问题线索初步核实及立案审查调查工作；监督检查纪检监察系统干部选拔任用工作。

党风政风监督室：负责综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规以及维护社会稳定和长治久安总目标等情况的监督检查；负责协调党风廉政建设责任制、作风建设规定、廉洁自律规定等制度的落实；负责协调党风廉政建设和反腐败工作检查、考核；负责全县持续深入开展“学转促”专项活动，整治“四风”“四气”；负责对落实中央八项规定精神，自治区党委《实施办法》、“十改进、十不准”要求的监督检查；集中开展整治形式主义、官僚主义和领导干部利用名贵特产类特殊资源谋取私利问题；负责党内问责和领导干部问责情况，对环境保护、安全生产和食品药品等领域发生的问题开展追责问责等工作；负责扫黑除恶专项斗争监督执纪工作，对涉黑涉恶及充当“保护伞”的问题严肃追责问责；负责扶贫领域腐败和作风问题专项治理工作；督促各级党委扎实开展专项治理工作和各职能部门发挥监管作用；负责落实自治区纪委《关于推进群众工作督导高质量发展的意见》及9项配套制度；对自治区、地区群众工作督导反馈问题整改情况的监督检查；负责对全县党风政风监督员的沟通、教育、管理，及时收集党风政风监督员意见建议。

信访室：接受处理群众来信、来访、电话和网络举报事项；受理对党组织、党员和监察对象违反党纪政纪行为的检举、控告；按照管理权限受理不服党纪政务处分和其他处理的申诉；对受理的信访件进行筛选，提出进行分类办理意见，移交案管部门；承办上级纪检监察机关和同级党委、政府交办的信访件；审核流转相关部室和有关部门承办的问题线索；严守信访保密纪律，维护当事人合法权益；制定信访举报工作相关规章制度；对信访举报工作和信访举报反映的突出问题进行调研，分析信访形势；对基层纪检监察机关的信访举报工作进行业务指导。

案件审理室：审理本级纪检监察机关审查调查案件、乡镇纪委报批或报备案件及县直单位纪委（纪检组）报批或报备案件，按照干部管理权限承办党员、监察对象的申诉案件；承担纪委监委的行政复议和行政应诉工作等。

第一纪检监察室：落实上级纪检监察机关的有关会议精神，结合本室具体分工，提出贯彻意见，并负责组织实施；综合协调维护政治纪律情况的监督检查，做好对违反政治纪律问题线索的管理和处置，组织协调全县政治纪律案件的查办工作，开展相关办法措施的研究，提出工作建议；对办案中发现的问题线索，报经相关领导批准，依纪依规进行流转和处置；对党员干部、监察对象进行勤政廉政教育以及其他法律法规的教育；监督检查本室职责管辖范围内乡（镇）、单位党组织落实党风廉政建设主体责任，纪委（纪检组）落实监督责任的情况；监督指导本室职责管辖范围内的乡（镇）、单位纪委（纪检组）对问题线索的调查处置；掌握本室职责管辖范围内乡（镇）、党委机关、政府机关、政法系统等单位在贯彻落实国家政策、法律、法规情况，并进行调查研究发现问题，提出加强管理和完善制度的建议。

第二纪检监察室：落实上级纪检监察机关的有关会议精神，结合本室具体分工，提出贯彻意见，并负责组织实施；协助各单位部门抓好廉政勤政建设和监督检查工作，做好贪污腐败问题线索的管理和处置，组织协调全县贪污腐败案件的查办工作，研究制定有效惩治贪污腐败问题的措施和相关制度，提出工作建议;对办案中发现的问题线索，报经相关领导后，依纪依规进行流转和处置；对党员干部、监察对象进行勤政廉政教育以及其他法律法规的教育；监督检查本室职责管辖范围内乡（镇）、单位党组织落实党风廉政建设主体责任，纪委（纪检组）落实监督责任的情况；监督指导本室职责管辖范围内的乡（镇）、单位纪委（纪检组）对问题线索的调查处置；掌握本室职责管辖范围内乡（镇）、教育系统、农业系统及交通通讯等单位在贯彻落实国家政策、法律、法规情况，并进行调查研究发现问题，提出加强管理和完善制度的建议。

案件监督管理室：负责对问题线索实行集中管理，动态更新、定期汇总核对，提出分办意见，按程序移送承办部门；统一受理巡视工作机构、群众工作督导、审计机关、行政执法机关、司法机关、信访部门等单位移交的相关问题线索；对党风政风监督、执纪监督、审查调查、干部监督部门发现的相关问题线索根据受理范围权限进行备案或转交相关监督检查部门；审理工作完成后，涉及的其他党员、监察对象的问题线索，经批准及时移送有关纪检监察机关处置；按照查办腐败案件以上级纪委监委领导为主的要求，统一受理下级纪检监察机关线索处置情况和案件查办报告，定期汇总，核对问题线索及处置情况，及时上报纪委监委；负责查办案件相关工作的组织协调，建立与有关部门协调办案机制，归口管理与有关部门的联系协调事项；负责对依纪依法安全办案情况进行监督检查，对纪委监委办案场所的安全保卫、保密工作进行监督检查，落实办案安全工作责任制，督促各级纪检监察部门做好办案安全事故调查和责任追究；负责对监督执纪工作全过程进行监督管理，监督检查各监督和审查部门依纪开展工作情况，督促检查上级、领导批办、交办案件及相关事项的落实情况；负责对查办案件及相关专项工作情况统计分析，指导本县纪检监察系统的案件监督管理工作。